> あと、Ethernetの片方がアップしてくれなかった
外付けGbE PHY(RTL8211E)の方ですね
それについては原因を見つけました
内蔵Switch(Ether MAC?)のauto-poll機能のレジスタ設定不具合です

そのリンク不能対策の件と、FON2601のサポートのための改変(uImageヘッダの水増し処理含む)をpull-requestで提起済みです。

内蔵switchについてはMDIOで外付けするPHY/switchの構成がまた別のケースの場合の対策差分も出ていて、私が出した差分がそのままacceptされることはたぶん無いだろうと。
何にしても現状の実装のままでは対処できないケースがあるので見直しが必要な箇所であろうと思います。